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El río Andarax constituye un buen ejemplo de río semiárido y posee una elevada variabilidad en la cantidad y calidad del agua. Su cuenca presenta materiales con litologías muy diversas y una gran complejidad tectónica, a lo que hay que añadir una climatología muy variable y típicamente mediterránea. El río presenta tramos de agua permanente y tramos en donde solo lleva agua durante una época del año. Su dinámica hidrológica posee una fuerte dependencia de las aguas subterráneas, cuya influencia puede actuar en diferente sentido: aumentando o disminuyendo notablemente la cantidad y calidad del agua superficial. De acuerdo con el comportamiento hidrológico y la salinidad de las aguas se diferencian dos zonas. La zona de cabecera presenta un caudal permanente y sus aguas tienen baja salinidad, inferior a 746 µS/cm. La zona baja tiene un caudal muy irregular, dependiente del régimen de lluvias y la salinidad aumenta en el sentido de la corriente (713-2150 µS/cm), con un punto de control en la zona final que presenta aguas permanentes. El uso conjunto de trazadores hidroquímicos e isotópicos, unido al uso de series temporales de temperatura, se presentan como herramientas útiles para identificar y entender los procesos que afectan a la evolución de las aguas superficiales considerando la influencia de la heterogeneidad litológica, las diferentes condiciones hidrológicas y la interacción con las aguas subterráneas.